魔法少女奈叶A's，2002年OVA动画『永恒之恋』的外转作品『魔法少女奈叶』的续作。动画主要讲述一个平凡的小学3年级女生奈叶，在一次偶然的情况下遇到了来自异世界的尤诺，从而掌握了魔法的力量。

    在围绕着异世界的神秘遗产的战斗中，她与引领自己得到魔法能力的尤诺成为了好朋友，结识了一起为自己的战斗提供支援的时空管理局的人们，并且与异世界的少女菲特在曾经的战斗中结下深厚的友情。

    战斗结束后，半年过去了，奈叶一边在宁静的生活中继续练习着魔法，一边期盼着和朋友们的再会。突然有一天，她遭到了神秘人物的袭击，在随后出现的菲特的帮助下，两人终于击退了敌人，可是奈叶的魔力却被夺走了。原来这是一群阴谋计划完成禁断的魔导书“暗之书”的人在四处收集魔力。两人随后结识了掌握宿命之匙的少女八神疾风，三个少女一同勇敢面对命运的争斗……